Pada 1526, Luther mendapati dirinya semakin sibuk dalam mengorganisasi suatu gereja yang baru. Model jemaat-jemaat yang dibayangkannya berdasarkan Alkitab dengan cara memilih pastor atau pendeta mereka masing-masing telah terbukti tidak dapat dijalankan.[100] Menurut Bainton, "Dilema Luther adalah bahawa beliau menginginkan suatu gereja konfesional berdasarkan pengalaman dan iman personal serta suatu gereja teritorial yang mencakup semua dalam suatu wilayah tertentu. Jika beliau terpaksa memilih, beliau akan berdiri tegak dengan orang banyak, dan ke arah inilah beliau melangkah."[101]

Dari tahun 1525 sampai 1529, beliau mendirikan suatu badan pengawas gereja, meletakkan satu bentuk baru dari pelayanan ibadah, dan menulis suatu ringkasan jelas keimanan barunya dalam bentuk dua katekismus. Pemikiran Luther dipandang revolusioner kerana merupakan suatu teologi salib, negasi dari setiap afirmasi: selama salib berada di tengah, kenderungan pembangunan sistem daya pikir berada dalam pengawasan, dan pembangunan sistem tidak mengalami degenerasi menjadi Sistem.[102]

Untuk mencegah kebingungan dan kekecewaan orang-orang, Luther menghindari perubahan yang ekstrem. Beliau juga tidak menghendaki penggantian satu sistem pengawasan dengan yang lain. Luther berkonsentrasi pada gereja di Elektorat Sachsen, hanya bertindak sebagai penasihat pada gereja-gereja di wilayah-wilayah baru, yang banyak di antaranya mengikuti model gerejanya di Sachsen. Beliau bekerja sama dengan elektor barunya, Johann, kepada siapa beliau berpaling demi kepemimpinan sekuler dan sokongan finansial atas nama suatu gereja yang pada dasarnya terputus aset dan pemasukannya setelah perpecahan dengan Roma.[103] Bagi Martin Brecht, biograf Luther, kemitraan tersebut "adalah permulaan dari suatu perkembangan yang dipertanyakan dan tidak direncanakan pada awalnya menuju suatu pemerintahan gereja di bawah penguasa sekuler".[104]

Sang elektor mengesahkan visitasi gereja, suatu kuasa yang sebelumnya dilaksanakan oleh para uskup.[105] Terkadang reformasi-reformasi praktis Luther tidak sesuai dengan pemakluman-pemakluman radikalnya yang terdahulu. Sebagai contoh, Instruksi-Instruksi untuk Para Visitor Pastor-Pastor Paroki di Elektorat Sachsen, yang dirancang oleh Melanchthon dengan persetujuan Luther, menekankan peranan pertobatan dalam pengampunan dosa, terlepas dari posisi Luther bahawa iman semata memastikan pembenaran.[106] Seorang reformis Eisleben bernama Johannes Agricola menantang kompromi tersebut, dan Luther mengecamnya kerana beliau mengajarkan bahawa iman terpisah dari perbuatan.[107] Instruksi dipandang sebagai satu dokumen problematik bagi mereka yang mencari suatu evolusi konsisten dalam pemikiran Luther dan praktiknya.[108]

Sebagai tanggapan atas adanya kebutuhan akan liturgi berbahasa Jerman, Luther menulis Deutsche Messe (Misa Jerman), yang beliau publikasikan pada awal tahun 1526.[109] Beliau tidak bermaksud menjadikannya sebagai pengganti dari adaptasi Misa Latin karyanya tahun 1523, tetapi sebagai satu alternatif bagi "orang-orang sederhana", suatu "stimulasi publik bagi orang-orang untuk percaya dan menjadi penganut Kristen."[110] Luther mendasarkan aturannya pada ibadah Katolik, namun menghilangkan "segala sesuatu yang berbau pengurbanan", dan Misa menjadi suatu perayaan yang di dalamnya setiap orang menerima roti mahupun anggur.[111] Beliau mempertahankan pengangkatan hosti (roti perjamuan) dan cawan, sementara perlengkapan seperti vestimentum, altar, dan lilin dijadikan opsional, memungkinkan kebebasan pelaksanaan upacara.[112]

Beberapa reformis, termasuk para pengikut Ulrich Zwingli, menganggap peribadahan Luther terlalu bersifat papistik, dan para akademisi modern melihat adanya konservatisme dalam alternatif misa Katolik susunannya.[113] Bagaimanapun, tata ibadah yang disusunnya mencakupi bernyanyi himne dan mazmur jemaat dalam bahasa Jerman, juga menyanyikan bagian-bagian dari liturgi, seperti komposisi Kredo secara unisono gubahan Luther.[114] Untuk menjangkau orang-orang sederhana dan kaum muda, Luther mengintegrasikan ajaran agama ke dalam ibadah-ibadah harian pada hari kerja dalam bentuk katekismus.[115] Beliau juga menyediakan versi-versi yang disederhanakan dari layanan baptisan dan pernikahan.[116]

Luther dan rakan-rakannya memperkenalkan tata ibadah baru tersebut selama visitasi (kunjungan) mereka di Elektorat Sachsen yang bermula pada tahun 1527.[117] Mereka juga melakukan penilaian standar pelayanan pastoral dan pendidikan Kristen di wilayah itu. "Tuhan yang penuh belah kasih, derita apa yang telah kulihat," tulis Luther, "orang-orang biasa tidak tahu doktrin Kristen sama sekali ... dan sayangnya banyak pastor yang hampir-hampir tidak terampil dan tidak mampu mengajar."[118]

Pengarangan katekismus

Luther merancang katekismus sebagai suatu metode untuk menyampaikan dasar-dasar Kekristenan kepada jemaat-jemaat. Pada 1529, beliau menulis Katekismus Besar, satu manual bagi para pastor (pendeta) dan pengajar, serta Katekismus Kecil sebagai satu sinopsis untuk diingat oleh mereka.[119] Katekismus-katekismusnya menyajikan materi instruksional dan devosional tentang Sepuluh Perintah Tuhan, Kredo Para Rasul, Doa Bapa Kami, baptisan, dan Perjamuan Tuhan.[120] Luther menyertakan pertanyaan-pertanyaan dan jawaban-jawaban di dalam katekismusnya sehingga dasar-dasar iman Kristen tidak menjadi sekadar hafalan, "cara monyet melakukannya", namun dipahami.[121]

Katekismusnya merupakan salah satu karya Luther yang paling personal. "Mengenai rencana untuk mengumpulkan tulisan-tulisan saya dalam rangkaian buku," tulisnya, "Saya cukup tidak antusias dan sama sekali tidak bersemangat atasnya kerana, terinspirasi oleh nafsu makan Saturnian, saya lebih suka melihat semuanya itu dilahap. Sebab saya tidak mengakui satupun dari semuanya itu sebagai buku saya yang sesungguhnya, kecuali mungkin Keterbelengguan Kehendak dan Katekismus."[122] Katekismus Kecil telah mendapatkan reputasi sebagai suatu model pengajaran agama yang jelas.[123] Katekismus tersebut tetap digunakan hingga sekarang, bersama-sama dengan himne-himne dan terjemahan Alkitab karyanya.

Katekismus Kecil Luther dikatakan sangat efektif dalam membantu orang tua mengajar anak-anak mereka; seperti halnya Katekismus Besar efektif bagi para pendeta..[124] Dengan menggunakan bahasa vernakular Jerman, mereka mengekspresikan Kredo Para Rasul (Pengakuan Iman Rasuli) dalam bahasa Trinitarian yang lebih sederhana dan personal. Beliau menulis ulang setiap pasal Kredo untuk mengekspresikan karakter Bapa, Putra, dan Roh Kudus. Tujuan Luther adalah untuk memungkinkan para katekumen melihat diri mereka sendiri sebagai suatu objek personal dari karya tiga pribadi Tritunggal (Trinitas), yang masing-masingnya berkarya dalam kehidupan setiap katekumen.[125]

Dalam apa yang dilakukannya tersebut, Luther memerikan Tritunggal bukan sebagai suatu doktrin untuk dipelajari, namun sebagai pribadi-pribadi untuk dikenal. Bapa mencipta, Putra menebus, dan Roh menguduskan, satu kesatuan ilahi dengan pribadi-pribadi yang khas. Keselamatan berasal dari Bapa dan menarik orang untuk percaya kepada Bapa. Perlakuan Luther pada Kredo Para Rasul perlu dipahami dalam konteks Dekalog (Sepuluh Perintah Tuhan) dan Doa Bapa Kami, yang juga merupakan bagian dari ajaran kateketik Lutheran.[125]